بعد أقل من عامين على اختفاء سكانلون، قام معارضون من داخل أوغندا بمحاولة إعادة ضم محافظة كاجيرا إلى تنزانيا، مما أدى إلى نشوب حرب، أسفرت في أبريل التالي عن الإطاحة بأمين على يد القوات التنزانية ومقاتلي المعارضة الأوغندية، وتم نفي أمين من البلاد، حيث ذهب مع ابنه جعفر - الذي كان يبلغ حينها 12 عامًا - وحاشية مؤلفة من 80 شخصًا تضم بعض وزرائه وضباط جيشه وأفراد أسرته، إلى ليبيا بدعوة من العقيد معمر القذافي، الذي كان حليفًا مخلصًا لأمين حينها.
يتذكر التاريخ الشعبي : " فخامة الرئيس من أجل الحياة ، المشير الحجي الطبيب عيدي أمين ، VC ، DSO ، MC ، رب كل الوحوش في الأرض وأسماك البحر ، وقهر الإمبراطورية البريطانية في أفريقيا بشكل عام وأوغندا بشكل خاص.
على الرغم من إعلان الحكومة الأوغندية أنه يمكن دفن جثته في أوغندا ، فقد تم دفنه بسرعة في المملكة العربية السعودية.